Een derde vorm van auto-immuniteit is een immuunreactie die niet alleen optreedt als reactie op een vreemd antigeen, maar die ook wordt veroorzaakt door een infectie. De immuunrespons van dit type wordt geactiveerd door vredes apotheek een binnendringend agens, maar het individu wordt ten onrechte als een indringer geïdentificeerd. Maar bij een auto-immuunaanval reageert het immuunsysteem op alles wat ermee in contact komt, ook op andere mensen en hun lichaam.